Si cuando vas a pagar una factura eliges la opción de Paypal y te sale el mensaje:
Tienes activada una suscripción
Eso significa que tienes creada una suscripción de Paypal para esa factura.
Para evitar pagos duplicados, el sistema te avisa de la suscripción para que no abones la factura por duplicado.
Cuando esa factura venza, Paypal te la cobrará automáticamente sin tu intervención. Por tanto, es recomendable no hacer nada y esperar a la fecha de vencimiento de la factura para ver si se abona de forma automática.