Por cuestiones de seguridad, lo que hay dentro del /home y fuera del public_html no es accesible desde el exterior. Todos los archivos públicos deben colgar de la carpeta "public_html".
Cuando creas un subdominio se crea una carpeta dentro del public_html con el nombre del subdominio para que sea accesible "desde fuera".
Las carpetas que hay dentro del "home" son accesibles solo desde dentro por seguridad.
Lo mismo ocurre si creas un dominio de complemento o dominio adicional. Sus archivos y carpetas siempre se alojarán dentro de la carpeta public_html.