Si por seguridad no quieres que aparezca el árbol de directorios (el listado de carpetas que hay dentro de una carpeta) al visitar una carpeta de tu public_html, debes añadir la siguiente línea al .htaccess principal:
Options -Indexes
Al añadir esta línea en el .htaccess del public_html, si alguien visita cualquier carpeta de tu web que no tenga un DirectoryIndex (un index.php, index.html, etc.) recibirá un error 403 no permitido.
Si además quieres habilitar el listado en alguna carpeta en particular, deberás crear un archivo .htaccess dentro de esa carpeta si no existe con anterioridad y poner la línea:
Options +Indexes