Si al visitar tu web ves un mensaje en el navegador, en la parte donde está el candado del certificado de seguridad, de que hay partes de la página que no son seguras, deberás revisar los enlaces de tu web.
El certificado está correctamente emitido y no es problema del servidor. Es un problema de tu página en sí que muestra elementos "inseguros".
Por elementos inseguros se refiere a urls que llevan "http" en vez de "https". Esto ocurre cuando se crean enlaces de forma manual y se ponen sin el "https" en la dirección.
También ocurre sobre todo con las imágenes si tienen una ruta no segura (logo, etc.)
Para revisar qué urls no son seguras y deben corregirse, deberás ver el código fuente de tu página y hacer una búsqueda dentro del código con el término "http://"
Puedes ver el código fuente pinchando con el botón derecho en cualquier parte de tu página y pinchar en la opción "Ver código fuente de la página" o bien pinchando la combinación de teclas "control + u".
Al hacer esta búsqueda podrás ver qué elementos se muestran en tu web con una url no segura (http) en lugar de una url segura (https).
Solo quedará que edites esos elementos desde su origen y los cambies por "https".